Rstudio Jobs Paneを使うための準備

現在(2018/12/13)、Jobs Paneを使うには、Rstudioのpreview版を導入する必要があります。
preview版とは、近日リリースされるRstudioの次のバージョンであり、超最新版です。
動作自体は通常のRstudioと相違なく、安定して動作するので特に心配する必要はありません。

まず、ご自分のOSに合わせて、Rstudio previewをダウンロード、インストールしてください。

Rstudio Jobs Paneを使う

起動するといつもと変わらないRStudioが立ち上がります。
Console画面に注目してみてください。
おそらく、ここに「Jobs」タブができていると思います。

この「Jobs Pane」を開いてみてください。

当然、まだ何も命令していないので、Jobsが動いていません。

では、適当にRスクリプト(demo.r)を用意してください。

## 計算
x <- 1 + 1

## 試し
print("Hello world")

そしたら、みなさんのJobsを動かしたいと思います。
先ほどのJobsタブの「Start Local Job」をクリックしてください。
以下の画面が表示されると思います。

Jobsの画面構造は次のようになっていますね。

• Script Paths
  • R script
  • Working Directory
• Environment
  • Run job with copy of global environment
  • Copy job results:
    • (Don’t copy)
    • To global environment
    • To results object in global environment
      

まずは、動かしてみましょう。
R Scriptの方に先ほど用意したdemo.R（もしくは実行したい.Rファイル）を指定して、
Working Directoryも設定してください。

そして、Environmentの方は何もいじらずにStartを押しましょう。ポチッとな

demo.Rの左にある“←”を押すことで一つ画面を戻すことができます。
戻ると以下の画面になります。

無事、実行されたようです。
複数のjobを実行するとどれが進行中で、終了しているかを確認することができます。

ただ、“x <- 1 + 1”はどこに行ったのでしょうか？
実は、今回の結果はどこにも保存されていません。
では、実行結果を保存するにはどうすれば良いでしょうか？

ポイントは「Environment」をいじることで解決します。

To global environmentについて

• 以下の設定で先ほどのdemo.rを実行してみてください。
  
  • Run job with copy of global environmentに チェックしない　
    
  • Copy job resultsを To global environment に変更する
    

RStudioの「Environment」タブに見てください。

x <- 1 + 1 の実行結果が無事保存されていることがわかります。
あれ？でも、元々、xというオブジェクトに別の値が入っていたらどうなるのでしょうか？
では、やってみましょう。

Jobsとは別に以下を事前にRで実行してください。

## Jobsとは別に事前に実行しておく。
rm(list = ls())
x <- 10

以上を実行したときの「Environment」タブはこんな感じになっているはずです。

xには10が入っていますね。

• そして、改めて、以下の設定で先ほどのdemo.rを実行してみてください。
  
  • Run job with copy of global environmentに チェックしない　
    
  • Copy job resultsを To global environment に変更する
    

RStudioの「Environment」タブに見てください。

xには2が入っていることがわかります。
つまり、 xが上書きされた ことがわかります。
また、別途事前にyというオブジェクトがあった場合、demo.rにyに関する記述はないのでyは上書きされません。

まとめると、
Copy job resultsを To global environment にすると、Jobの実行結果をEnvironmentに保存されるが、すでにあるオブジェクトについては上書きされる。
ということになります。

To results object in global environmentについて

では、Copy job resultsの To results object in global environment は何を行うのでしょうか？
先ほどとの違いを見比べましょう

まず、Rstudioの「Environment」を綺麗にしてください。
(rm(list=ls())を実行するか、箒ボタンを押して綺麗にしてください。)

• そして、以下の設定で先ほどのdemo.rを実行してみてください。
  
  • Run job with copy of global environmentに チェックしない　
    
  • Copy job resultsを To results object in global environment に変更する
    

Rstudioの「Environment」タブを見てみてください。

謎のオブジェクトが保存されています。
demo_resultsというEnvironment型のオブジェクトです。

R初心者の僕にはEnvironment型のオブジェクトが何かわかりませんが、とりあえず何か保存されているようです。
実は、この中にxが保存されています。
取り出し方は、以下です。

## Jobsで実行したxを取り出す。
demo_results$x

そうです。普通にRで用いる $ を使ってxをとってくることができます。
簡単ですね。
Jobsで複数のオブジェクトを保存するようなRスクリプトを書いている場合、同様に $ をつけることで取ってくることができます。

Run job with copy of global environmentについて

まだよくわかっていない欄があります。
そうです。 Run job with copy of global environment についてです。

これは、事前にRに実行してある変数を使うかどうかです。
Stanでモデルを回す際に、以下の手順が基本だと思います。

1. data 読み込み
2. モデルコンパイル
3. Stan実行

しかし、Jobとしたいのは、2,3のみだと思います。
そんなときに便利なのが Run job with copy of global environment です。
では、簡単な例でやってみましょう

先ほどと同じように事前にRに以下を実行してください。

## Jobsとは別に事前に実行しておく。
rm(list = ls())
x <- 10

こんな感じになっていれば準備完了です。

そして、上記とは別にdemo2.Rを用意してください。
このRスクリプトはxがないと実行されずエラーが吐かれます。

## x がないとエラーを吐く設計にわざとしています。
y <- x + 1

• では、次の設定で実行してみましょう。
  
  • Run job with copy of global environmentに チェックする　
    
  • Copy job resultsを To global environment に変更する
    

うまくいくと、RStudioの「Environment」タブにyが増えています。
xにもともと入っていた10を用いて、yにx+1の11が代入されていることがわかると思います。

つまり、これをStanに用いれば、

1. 事前にRでデータ読み込む
2. 1.を使ってモデルAを回す。
3. 1.を使ってモデルBを回す。
4. 1.を使ってモデルCを回す。
5. 1.を使ってモデルDを回す。
...

ということができます（もちろんPC重くなるけどね）。
これぞ、まさにEndless Stan！！(*´Д`)ﾊｧﾊｧ