## Terminalにて
## 諸々アップデート
sudo apt update 
sudo apt upgrade 

## Rを導入する
sudo apt install r-base
R

## Ubuntuのバージョンを調べる
cat /etc/os-release

## Rの最新版を入れ直す
## そのために、cranのサイトを登録する
echo -e "\n## For R package"  | sudo tee -a /etc/apt/sources.list

echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran35/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

sudo apt update
sudo apt install r-base

R

## RStudio Serverの導入
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-1.2.5042-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.5042-amd64.deb

## rstudio server にログインするユーザ名を定義.ここでは「rstudio」にしている
sudo adduser rstudio

# パスワードの設定を要求される
# Enter new UNIX password: 
# Retype new UNIX password: 
#上記を入力すると、このユーザ名のパスワードを定義する画面がでてくる。
＃ なので,パスワードを決めて、打ち込む

## Rstudio Serverのステータスを確認できる。
sudo rstudio-server status

## tidyverseやrstanの準備
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev build-essential g++
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo R

## tidyverseのinstall
## R consoleにて(installにこれが居るかも)
Sys.setenv(R_INSTALL_STAGED = FALSE)

## さらにrstanのさらなる準備(Ubuntu consoleにて)
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/rrutter"
sudo add-apt-repository -y "ppa:marutter/c2d4u"
sudo apt-get update
sudo R

## R consoleにて
install.packages("devtools")
remotes::install_github("stan-dev/rstan", ref = "develop", subdir = "rstan/rstan", build_opts = "")

## Python(Anaconda)の導入
## Terminalにて
sudo wget http://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.0.0-Linux-x86_64.sh 
bash Anaconda3-4.0.0-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc

## jupyter関連のセキュリティの設定
cd ~
jupyter notebook --generate-config
cd .jupyter
## .jupyterディレクトリにいることを確認して以下
openssl req -x509 -nodes -days 365 -newkey rsa:1024 -keyout mykey.key -out mycert.pem

python

## Pythonにて

from notebook.auth import passwd; passwd()
## 登録したpasswordを覚えておく
## ‘sha1:~~’の～～の部分をメモしておく
quit() ## pythonを閉じる

## Terminalにて
cd .jupyter
vi jupyter_notebook_config.py
  ## 編集モードになるので、　i を押して、以下を入力し、Escキーを押し、:wqを押すと保存されて終了する
  
  # OpenSSLで作ったファイルへのパス
  # dhojo@instance-3の@より前のdhojoが僕のusername
  # これを以下のURL内に置き換える
  c.NotebookApp.certfile = u'/home/dhojo/.jupyter/mycert.pem'
  c.NotebookApp.keyfile  = u'/home/dhojo/.jupyter/mykey.key'
  
  # どのIPアドレスからのアクセスも受け入れる
  c.NotebookApp.ip = '0.0.0.0'
  
  # passwd()コマンドで作ったパスワードのハッシュを貼る
  c.NotebookApp.password = u'sha1:22d9227hoge'
  
  # 勝手にブラウザを起動しない
  c.NotebookApp.open_browser = False
  
  # 外部からアクセスするためのポート番号を指定する
  c.NotebookApp.port = 8888
  
## 最後に :wq を入力し、保存して終了

jupyter notebook

## Wolfram engineの導入 (Jupyter notebookに)
## 事前にHPでライセンス登録をしておくと早い
sudo wget https://account.wolfram.com/download/public/wolfram-engine/desktop/LINUX
sudo bash LINUX 

## WolframLanguageForJupyterを用意する
git clone https://github.com/WolframResearch/WolframLanguageForJupyter.git
cd WolframLanguageForJupyter/
wolframscript configure-jupyter.wls add


## アクティベートしていないと、上記が出るので、アクティベートする
wolframscript –activate
wolframscript configure-jupyter.wls add ##再度

jupyter kernelspec list
cd ~ 
jupyter notebook

## Wolfram engine起動
wolframscript